熊本学園大学大学院は、商学研究科、経済学研究科、国際文化研究科、社会福祉学研究科の4つの研究科を擁し、すべての研究科に博士後期課程を装備しています。また、専門職大学院である会計専門職研究科（アカウンティングスクール）を設置し、文系の総合大学院として発展を続けています。